溫州市鹿城區醫療保障結算中心的組織人事由溫州市醫療保障局鹿城分局統一管理。溫州市鹿城區醫療保障結算中心按照管理權限負責城鄉醫保業務辦理等業務運行事宜， 不得承擔行政職能，不得從事經營活動。